ショートカットを登録するなら IShellLink を使用する．
CreateLink というサンプルがある．

SHGetSpecialFolderLocation で取得したデスクトップの ITEMDLIST で SHGetPathFromIDList を使用すればパスが取得できる．

IShellLink で作成したショートカットを IPersistFile::Save にて取得したパスへ格納するとデスクトップウインドウにショートカットが表示される．


参照
デスクトップのハンドル
デスクトップのフォルダ