WININIT.INIはリブート時にファイルの置き換えをおこなう為の設定ファイルである．

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[RENAME]
NUL=C:\WINDOWS\TEMP\TEMP.TXT
C:\AUTOEXEC.BAK=C:\AUTOEXEC.BAT
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= の左に記述したファイルが = の右に記述したファイルに置き換わる．
NUL = にするとそのファイルを削除する．

[CombineVxDs]
っていうセクションもある（らしい）

WININIT.INI は Windows ディレクトリになければならない．
置き換えが成功すると WININIT.INI は WININIT.BAK になる．

WININIT.INI は WININIT.EXE が使用する INI ファイルである．
WININIT.EXE は Windows が起動する前に実行される為ロングファイルネームは使用できない．

WININIT.EXE は Windows9x 系のみであり WindowsNT 系では使用できない．
WindowsNT 系でファイル削除をする場合は MoveFileEx を使用する．


参照
使用中ファイルの上書き