アイコンは各々のプロジェクトで設定追加が可能である．
エクスプローラーなどで実行ファイルを表示すると，通常は IDR_MAINFRAME のアイコンが表示される．（ウィンドウキャプションのアイコンと同様）

しかし，追加したアイコンのリソースＩＤが IDR_MAINFRAME より小さい値だとそのアイコンがアプリケーションアイコンとなってしまう．
（シェルに表示されるアイコンはリソースの１番最初に格納されたアイコンとなる）
（ウィンドウキャプションのアイコンは IDR_MAINFRAME のまま）

アプリケーションアイコンはアイコンに割り当てたＩＤのもっとも小さい値が採用されてしまう．

この情報はヘルプとかにあまり書かれていない．
.rc ファイルの ICON 定義のところにちらっと書かれている．


参照
アイコン変更
小さなアイコンの設定
アクティブなウィンドウのアイコン取得