アイコンを任意に切り替えるには，LoadIcon() 後，SetClassLong() を使用する．

    hIcon = LoadIcon(ID_NEWICON);
    SetClassLong(hWnd, GCL_HICON, (LONG)hIcon);

また，WM_SETICON を使用する手もある．
これであれば，クラス単位ではなく，同じクラスを持つウィンドウ毎にアイコンを変更することが出来る．


参照
アプリケーションアイコン
アクティブなウィンドウのアイコン取得