Win32 Console 画面の制御をするには，

%winbootdir%\system\conagent.pifのプロパティを設定する．
AllocConsole()した時に出来るコンソール窓の設定も同様．

conagent.pifがない場合は適当な*.pifをcopy&renameする．


参照
Windowsアプリからコンソールへ出力
コンソールアプリの同期的起動
コンソールアプリケーションを非表示状態で実行