MFC だったころは Win32 で WinMain から書けばウィンドウを使用しない EXE を作成できた。
そのウィザードもあったはず。

.net ではその選択がない....

.net ではコンソールアプリケーションを作成して，

プロジェクトのプロパティの［アプリケーション］タブから，［出力の種類］を「コンソール アプリケーション」から「Windows アプリケーション」に変更すれば，ウィンドウを使用しない，コマンドプロンプトも表示しないアプリケーションが作成可能となる。


参照